Wylądujesz na dachu głównego budynku. Nie będziesz miał dużo czasu na podziwianie wschodu słońca - zagada do Ciebie pani naukowiec, która wyjaśni sytuację w bazie - pozostanie zamknięta, dopóki cztery boty, patrolujące teren, nie zostaną zniszczone. Dowiesz się, że do walki możesz wysłać boty bazy, najpierw trzeba je najpierw włączyć.
Gdy rozmowa się skończy, możesz zająć się botami nawet bez pomocy tych znajdujących się w bazie. Wystarczy użyć spy drone, kilka sesji powinno dezaktywować cztery mechaniczne twory, człapiące u stóp budynku. Jeżeli jednak nie masz spy drone, czeka Cię samodzielna walka oraz włączenie robotów. Jakkolwiek zdecydujesz się rozwiązać ten problem, wejdź do budynku za pomocą drzwi na dachu. Zejdź po schodach, ale nie na sam dół - przeskocz balustradę i szybko zhackuj terminal i wyłącz kamery. W sąsiednim pomieszczeniu wejdź po drabince, a następnie wślizgnij się do szybu i przejdź ponad głowami dwóch strażników MJ12. Znajdziesz się w szybie windy - naciśnij "reset" i zjedź na dół. Teraz przygotuj się na ostrą walkę - jeden agent oraz dwóch żołnierzy MJ12 czekają tu na Ciebie. Zajmij się nimi, następnie przejdź przez drzwi po lewej, wejdź do wąskiego szybu, by odnaleźć ciało jakiegoś robotnika i 50 punktów doświadczenia. Na panelu wpisz 5868, by rozpocząć aktywację systemu. Zaopiekuj się jeszcze dobytkiem w szafce obok. Wróć teraz do windy i jedź na piętro. Uważaj na wszędobylskich strażników. Unieszkodliw rozmawiającego z panią naukowiec, po czym sam ją zagadaj, by zdobyć login "command" i hasło "zebra42". Wróć do windy i naciśnij guzik 1. Zhackuj security terminal przy drzwiach, za pomocą zdobytych danych dezaktywuj kamery. Wejdź do pomieszczenia, szybo wkradnij się do szybu po prawej stronie. Otrzymasz 50 punktów doświadczenia. Otwórz lub zniszcz zamknięte drzwi i wyjdź na zewnątrz. Wejdź na silosy, jeżeli wcześniej ściągnąłeś strażników z dachu, to wdrap się po drabinie, jeżeli nie, to zajmij się wartownikami. Przejdź po rurach na przeciwległy "balkon", by otrzymać dostęp do pudeł. Następnie po rurach zeskocz do drugiego generatora, wpisz 5968, by aktywować system. Yay! Uważaj teraz jednak na wartownika MJ12 oraz bota. Jeżeli nie chce Ci się czekać na wsparcie security botów, po prostu zniszcz maszynę. Wróć teraz do budynku, ponieważ nie zrobiliśmy tutaj jeszcze wszystkiego. Przejdź przez szyb, następnie drzwiami po prawej. Dezaktywuj control panel, by wyłączyć lasery. Poruszaj się teraz cicho - naukowcy nie są wrogo nastawieni, ale dwóch strażników MJ12 przed przeszkloną szybą - owszem. Otwórz sobie drzwi do składzika za pomocą klucza, który znalazłeś przy ciele robotnika, przy pierwszym panelu włączania energii systemu. Przeszukaj pomieszczenie, porozmawiaj z naukowcem. Zdradzi Ci dane tunnel01/omega2a oraz wręczy EMP grenade. Udaj się teraz do hazard lab. Pomieszczenie jest zalane, prąd ma łatwy dostęp do wody, nie muszę chyba nikogo uczyć, jak to się może skończyć. Skacz z pudła na pudło i w ten sposób przeszukaj całe pomieszczenie. Znajdziesz tutaj Augmentation Canister z Cloak/Radar Transparency, jeżeli nie masz któregoś z tych wszczepów. Teraz wróć do lobby i wyjdź przez główne drzwi, cały czas uważając oczywiście na boty i strażników. Przebiegnij teraz przez "podwórze" do bunkra po lewej, otwórz sobie drzwi i przeszukaj cały hangar, aktywując boty, które zajmą się robotami. Jeżeli jakieś przetrwają, a te uruchomione przez Ciebie zostaną zniszczone - będziesz musiał dokończyć robotę sam ("Never send a human to do a machine's job" - Agent Smith był w błędzie). Następnie zdejmij strażników tuż przy bramie bazy, na wschodzie. Na samym dole drogi znajdziesz jedynie budkę wartownika, w niej datacube, niezawierający żadnych szczególnie istotnych informacji. Wróć teraz do bunkra, znajdującego się po prawej. Porozmawiaj z naukowcem i przeszukaj otoczenie. W jednej z szafek znajdziesz Augmentation Upgrade Canister. Wejdź po drabinie obok włazu na dach, by otrzymać 50 punktów doświadczenia, a także nieco sprzętu. Następnie otwórz pokrywę i zejdź do tuneli. Zajmij się spider botami, zhackuj terminal tunnel01/omega2a. Wyłącz kamerę i działka. Miń pomieszczenie po prawej, dezaktywuj lasery. Otwórz sobie przejście do napromieniowanego korytarza, ale nie wchodź do środka - po prawej znajdziesz szyb do zatopionego pomieszczenia, Zanurz się, przeszukaj je całe (odradzam tę część poradnika, jeżeli nie masz maski tlenowej, nie umiesz dobrze pływać, albo nie rozwijałeś Aqualungu). Płyń jak najniżej, znajdziesz wejście do zatopionej klatki schodowej. Za pomocą multitoola zhackuj panel, otwórz sobie drzwi i przeszukaj ciało, by znaleźć kolejny Augmentation Upgrade Canister. Przeszukaj zatopione pomieszczenia i wróć do napromieniowanego korytarza. Przejdź przezeń, uważając na spider bota. Możesz także otworzyć sobie lockpickiem drabinę po prawej stronie drzwi, by przekraść się ponad zagrożoną strefą i otrzymać 150 punktów doświadczenia. Znajdziesz się w swoistym magazynie. Dezaktywuj lub zniszcz spider bota, zejdź po schodach. Dezaktywuj lasery, zbadaj tę część pomieszczenia. Jeżeli chcesz zebrać wszystko, będziesz musiał pobawić się guzikami windy i skakać z góry na kolejne poziomy. Jest to jednak warte zachodu, choćby dla 150 punktów doświadczenia. Wreszcie za pomocą platformy utwórz mostek na przeciwległy "korytarz", zajmij się spider botem, przeszukaj ciało (zabierz też nanokey, leżący nieco dalej). Wejdź po drabinie. Otwórz drzwi guzikiem. Hej, byliśmy już tutaj! Wyjedź windą na piętro, nanokeyem otwórz sobie wzmacniane drzwi. Zejdź po schodach, by dostać się do laboratorium. Porozmawiaj z Samem Carterem oraz Garym Savage. Zgodzi się pomóc, najpierw musimy jednak włączyć komputer. Mamy mało czasu, jak sami słyszeliśmy, Daedalus zaczyna słabnąć. Otrzymasz login i hasło: gsavage/tiffany. Przejdź przez drzwi obok Sama Cartera i zaopiekuj się kluczem po prawej. Idź teraz na samą górę, zdobytym nanokeyem otwórz sobie drzwi. Przeszukaj pokój i zniszcz kratkę z wentylatorem. Wskocz do środka, po rurach i prętach, do komputera. Wpisz dane, otrzymane od Savage'a. Katastrofa! Icarus połączył się z Daedalusem. Wróć do naukowca i wysłuchaj wraz z nim wiadomość od Boba Page'a, który porwał córkę Gary'ego. Porozmawiaj znów z Garym. Otrzymasz zdjęcie Tiffany, by ją rozpoznać, podczas misji ratunkowej (nie myślałeś chyba, że pozostawimy damę w opresji?!). Powiedz Savage'owi, że Icarus i Daedalus połączyli się w jeden system, Helios (Dadealus, Icarus, Helios... ktoś chyba jest wielkim fanem mitu o Dedalu i Ikarze). Wyjdź z budynku i udaj się do Jocka, który czeka przed budką wartownika na północnym wschodzie. Jest tam także Tracer Tong - niestety, Azjata zachorował na Szarą Śmierć. Na szczęście w Vandenbergu już niedługo ruszy produkcja antidotum. Wskakuj do śmigłowca, czas uratować Tiffany.
