To już koniec! Dopadłeś Boba Page'a w jego bazie w Area 51. Jock wysadzi Cię na miejscu tuż po wybuchu rakiety. Jeżeli podczas misji u Morgana Everetta nie odkryłeś, że mechanik to sabotażysta, to helikopter naszego przyjaciela wybuchnie. W innym wypadku Jock przeżyje. Udaj się do wieży strażniczej nieopodal. Otwórz drzwi wytrychem, wewnątrz idź do góry - uważaj na minę przy drabinie, dezaktywuj ją czym prędzej. Na górze zdejmij strażnika i włam się do security terminal, by otworzyć drzwi i wyłączyć kamerę. Z wieży masz całkiem niezły widok - możesz za pomocą spy drone, rakiet lub innej ciężkiej broni, spróbować ściągnąć boty patrolujące teren. Teraz zbadamy piwniczkę wieży. Wróć na niższy poziom, po czym wybierz drabinę prowadzącą na dół - ponownie uważaj na minę, tutaj trzeba będzie trochę zręczności i koordynacji oko-ręka, żeby ją dezaktywować. Na dole znajdziesz nieco amunicji. Udaj się teraz do budynku naprzeciw wieży - uważaj na kamerę wewnątrz, dezaktywuj ją multitoolem lub zniszcz. Za zamkniętymi drzwiami znów znajdziesz amunicję. Zejdź na dół, wejdź do budynku po prawej. Jeżeli podczas misji w podwodnej bazie uciekłeś Simonsowi, teraz czeka Cię walka z nim. Zalecam podobną taktykę, jak w tamtym wypadku - najlepiej włączyć Cloak i Dragon Toothem wyjaśnić agentowi, kto tak naprawdę jest lepszy. Przeszukaj budynek. Znajdziesz właz, otwórz go, wejdź doń. Zhackuj panel, by otworzyć sobie pojemnik z Augmentation Upgrade Canister. Rozejrzyj się, zabierz, co warte uwagi, przeczytaj datacube (znajdziesz dane A51/XX15YZ). Teraz wyjdź na zewnątrz, obejdź budynek i zabierz multitool z ciała robotnika. W tym momencie mógłbyś śmiało wejść do Bunkra Page'a, ale jest jeszcze jedno, znacznie ciekawsze wejście. Ruszaj dalej, do hangaru na zachodzie. W środku czeka paru przeciwników, rozpraw się z nimi. Przeszukaj cały budynek, koniecznie wdrap się na dach budki i porozmawiaj z żołnierzem. Zwróć teraz uwagę na okrągły szyb wentylacyjny (takie duże okrągłe coś, na lewo od budki). Otwórz kratkę u jego podłoża, wejdź do środka. Nie ufaj zapewnieniom Page'a, że skok Ci się uda. Zamiast tego wrzuć do środka granat, by uszkodzić ramiona wentylatora. Weź głęboki oddech i skacz!
Wylądujesz w zbiorniku wody. Nie wypływaj od razu na powierzchnię - weź tylko oddech i płyń tunelem do końca, znajdziesz tam ciało - przy nim modyfikację do broni. Teraz wróć i wyjdź po schodkach. Przeszukaj skrzynie, zjedź windą. Zhackuj panel, by wyłączyć lasery, ruszaj dalej. Zejdź po drabinie na sam dół, przeszukaj ciało robotnika i otwórz sobie drzwi do bunkra. Idź przed siebie, uważaj na kamerę po lewej. Jeżeli chcesz, możesz teraz pobawić się w ninja i przeskakiwać pomiędzy laserami na podłodze lub po prostu rzucić EMP Grenade, by je dezaktywować. Ruszaj dalej, gdy wybuchnie maszyna, podejdź do holoprojektora po prawej. To wiadomość od Everetta. Proponuje Ci on zabić Boba Page'a i rządzić światem wspólnie z Illuminati. To pierwsze z trzech zakończeń. Otrzymasz także przydatny kod - 8946. Masz teraz 3 opcje drogi. Możesz użyć kratki tuż obok holoprojektora, ruszać głównym korytarzem po prawej lub iść korytarzem na północ. Środkowa odnoga jest najprostsza, lecz droga na północy zapewni nam najwięcej zdobyczy. Ruszaj więc tam. Zniszcz lub dezaktywuj bota patrolującego ten korytarz. Ruszaj dalej, na razie nie wpisuj kodu na drzwiach po lewej. Uważając na kamerę, zakradnij się do kolejnych drzwi. Wpisz kod 8946 i zabij wartowników wewnątrz. Przeszukaj pokój, przeczytaj datacube, poznasz kod - 0169. Dezaktywuj kamerę za pomocą terminala, wróć do drzwi, które mijaliśmy i wpisz kod 8946. Przeszukaj to pomieszczenie. Jedna z kapsuł zawiera ciało i Augmentation Upgrade Canister, medkit i nanokey. Wpisz kod 0169, by zdobyć przedmiot. Jeżeli chcesz, możesz przeszukać inne kapsuły - niestety, kody do nich nie są nam znane, więc będziesz zmuszony użyć multitooli. Wszczep, pilnowany przez greasela, to Regeneration/Energy Shield - jeżeli masz wolny slot, możesz zużyć multitool, w innym wypadku lepiej zachować go na później. Wróć teraz do korytarza i ruszaj dalej na południe. Po drodze zbierz wszystkie przedmioty. Wreszcie znajdziesz się przy kolejnych drzwiach - zajmij się strażnikami, wskocz na żurawia, by zyskać dostęp do amunicji. Użyj teraz klucza zdobytego niedawno, by otworzyć sobie drzwi do kolejnego sektora. Ruszaj przed siebie, w alkowie po prawej znajdziesz nieco przedmiotów i kryjówkę - po chwili przyjedzie winda z trzema przeciwnikami. Rozpraw się z nimi, po czym zjedź na dół. Podejdź do holoprojektora. Skontaktuje się z Tobą Tracer Tong. Zaproponuje Ci on wysadzenie Area 51, by wprowadzić ludzkość po raz drugi w historii w "Mroczne Wieki". To drugie z trzech zakończeń. Ruszaj dalej, uważaj na snajperów na mostkach powyżej. Zdejmij ich jak najszybciej. Zabij Karkiany, patrolujące teren, wskocz do wody, uważając na Greasely, które urządziły sobie tutaj kąpiel. Przeczytaj datacube - poznasz kod 2001, weź także nanokey. Zejdź teraz po schodkach do reactor lab. Uważaj na spider boty. Użyj zdobytego przed chwilą szyfru. Ruszaj przed siebie, uważając na Grayów. Porozmawiaj z robotnikiem, otrzymasz kod do Aquinas Hub - 1038. Wróć teraz do poprzedniego pomieszczenia, wyjdź po schodach na mostek, gdzie byli snajperzy. Użyj zdobytego klucza na zamkniętych drzwiach, przeszukaj otoczenie. Oprócz amunicji i innych przedmiotów znajdziesz także datacube z danymi area51/bravo13. Wyjdź po drabince, by przy ciele robotnika znaleźć datacube z kodem 4225. Dostań się teraz na samą górę, czeka tam agent - rozpraw się z nim, użyj na terminalu danych zdobytych przed chwilą. Wyłącz kamery, zabierz wszczep. Zejdź po schodkach, na drzwiach oznaczonych Aquinas Hub wpisz kod 1038. Otrzymasz 100 punktów doświadczenia. Stłucz szybę, dostań się do ciała. Ruszaj teraz za znakami do Aquinas Control. Uważaj na MJ12 Commando po drodze. Dojdziesz do windy, naciśnij guzik 1 i przeszukaj otoczenie. Następnie wyjedź na najwyższe piętro i podejdź do maszyny. To Helios, sztuczna inteligencja, która powstała z połączenia Daedalusa i Icarusa. Porozmawiaj z komputerem, zaproponuje Ci połączenie i wspólne rządzenie światem. To już ostatnia, trzecia propozycja. Trudny wybór, prawda? Tak czy owak na razie nie musisz jeszcze go podejmować. Wróć na 2. poziom, nie obawiaj się robotów - pomogą Ci pokonać 3 MJ12 Commando, którzy ruszą Twoim tropem. Jeżeli dodatkowo jeszcze zahaczysz o drzwi po lewej, przyjdą kolejni przeciwnicy. Wracaj, aż dostaniesz się na klatkę schodową - tym razem zejdź na dół, uważając na Grayów. Na panelu, obok zamkniętych drzwi, użyj szyfru 4225, by zdobyć trochę amunicji. Pod schodami znajdziesz Greasela oraz skrzynie. Ruszaj przed siebie, uważając na gigantycznego spider bota. Drzwi po lewej kryją nieco sprzętu oraz nagrodę 50 punktów doświadczenia za odkrycie miejsca. Przejdź przez otwarte przez Helios drzwi do sektora 4. Ruszaj przed siebie - otrzymasz informację od Paula/Gary'ego Savage'a (w zależności, czy w Hell's Kitchen uratowałeś brata), podsumowującą możliwości wyboru. Być może to ułatwi Ci nadchodzącą decyzję. Ruszaj dalej, do laboratorium. Tutaj się narodziłeś. Uważny gracz, który przeczyta opisy wszystkich kabin, z pewnością znajdzie spoiler odnośnie do drugiej części Deus Ex. Tak czy owak przeszukaj ciało, by znaleźć Augmentation Upgrade Canister, zwłoki pani naukowiec na niższym poziomie kryją także datacube z loginem lab12 i hasłem graytest. Ruszaj na północ, na terminalu użyj zdobytych danych. Wyłącz promieniowanie, by bezpiecznie (no prawie, będziesz musiał jeszcze zabić grayów) przejść przez kolejne pomieszczenie. Idź dalej, otrzymasz informację od Everetta i Alexa, zawierającą część kodu do reaktorów, które będziesz musiał przełączyć, by wysadzić Area 51 - 724. Otwórz drzwi. Wewnątrz znajdziesz Bob Page'a, czekającego na zakończenie procesu instalacji wszczepów. Po rozmowie otoczy go pole siłowe, włączą się także działka.
Nadszedł czas wyboru... Illuminati, Mroczne Wieki czy Połączenie z Helios?