Minęło wiele straszliwych lat odkąd bogowie opuścili świat, a tytani wydostali się ze swych więzień. Niszczą wszystko co stanie na ich drodze, a ich siła jest nie do powstrzymania.
Jakkolwiek, istnieje jeszcze miejsce, na południowym końcu Starego Imperium, które wyglada na bezpieczne i wyjęte jest spod władzy tytanów, Kryształowa Twierdza w Calderze. Tam mieści się kwatera główna Inkwizycji, a miasto jest schronieniem dla ludzi. Caldera jest wielokrotnie atakowana przez morskie potwory, a statki z żywnością zostały zatopione. Nikt nie wie jak długo wytrzymają mury, ani na jak długo starczą zapasy żywności i broń, które powoli się kończą.
Bezimienny bohater, zniszczony przez wydarzenia z wyspy Faranga, topi swoje smutki w butelkach rumu w portowym mieście Caldera. Sytuacja staje się coraz bardziej tragiczna, zwłaszcza kurczące się zapasy żywności, dlatego wyrusza on z misją skończenia z potworami morskimi raz na zawsze.
Podczas swoich przygód, oprócz nowych twarzy i wyzwań, spotka starych kompanów, którzy pomogą mu w jego zadaniu.
Bezimienny pokonał Tytana Ognia w ostatniej walce w Risen 1, jeszcze fanfary nie przebrzmiały, a już przyszło mu zobaczyć, jak mierne okazało się jego zwycięstwo. Oto nadchodzi horda tytanów, która wybija ludzi do nogi. Statki znikają bez śladu, przez co stawianie oporu jest coraz bardziej beznadziejne. Kilka lat po wydarzeniach z jedynki ostała się jedynie Caldera, ostatni ludzki bastion, tu także w kryształowej twierdzy niedobitki Inkwizycji starają się organizować obronę. W tej właśnie mieścinie spotkamy niedoszłego bohatera, który topi swe smutki w kieliszku. Okular Mendozy, ostatni przedmiot, który przypomina mu o chwale, schował pod piracką opaską, a sam bezradnie czeka na tragiczny koniec.
Sprawy zaczynają nabierać nowego znaczenia, gdy komendant Carlos wyciąga naszego bohatera z hamaku, by ten pomógł mu w zbadaniu rozbitego statku i zabrania jego zawartości. Tak samo jak w Risen 1, jedną z pierwszych scen, jaką ujrzymy, będzie plaża z porozrzucanymi po niej kawałkami statku i... jedną z ocalałych, a mianowicie Patty. Otóż dziewczyna postanowiła poszukać skarbu wyposażona w mapę ojca. Niestety nie dane jej było go odnaleźć. Później okazuje się, że wie, gdzie znajduje się Stalobrody, a on z kolei posiada wiedzę, jak bezpiecznie podróżować po morzu, przynajmniej tak głosi plotka.
Główny bohater zaintrygowany tą wiadomością postanawia szukać kapitana razem z Patty. Efekty ich współpracy mogliśmy ujrzeć w trailerze. Dziewczyna posługuje się magią voodoo, która wyparła tę z pierwszej odsłony (już widzę te laleczki w edycji kolekcjonerskiej). Bezimienny, aby poznać tajemnicę Stalobrodego, musi się przyłączyć do piratów i tu kończy się nasza wiedza na temat fabuły.
