Znów jesteśmy w siedzibie UNATCO. Wejdź do środka, przy schodach zaczepią Cię panowie, którzy wyglądają jak żelazna fantazja na temat Arnolda Schwarzeneggera. Dowiesz się, że ich szef, niejaki Simons, gości w bazie i przesłuchuje więźniów. Udaj się do biura Manderleya, sekretarka poinformuje Cię, że szef aktualnie ma ważne spotkanie. Zajrzyj przez drzwi - zobaczysz wspominanego wcześniej Simonsa, którego być może znasz już z wprowadzenia do gry. Poczekaj, aż panowie zakończą rozmowę, po czym udaj się na spotkanie z przełożonym. Dostaniesz pochwałę i nagrodę (1000 kredytów za wykonanie misji i dodatkowe 200, jeżeli uratowałeś zakładników w metrze), lecz dowiesz się także, że zadanie Twojego brata zakończyło się niepowodzeniem, on sam zaś znajduje się w sporych tarapatach - podpadł UNATCO! Rozejrzyj się po pokoju, zbierz nanokey, leżący na półce. Zanim udasz się do Sama po wyposażenie, zajrzyj jeszcze do swojego biura i odbierz maila. Otrzymasz wiadomość od Paula, który ostrzega Cię przed agentką Navarre i daje hasło do komputera szefa UNATCO. Warto teraz zejść na dół, odwiedzić stację medyczną i zainstalować znalezione wszczepy. Mamy do wyboru Speed Enhancement lub Run Silent oraz Aqualung i Enviromental Resistance. W przypadku pierwszego wyboru polecam szybsze bieganie, które poprawi także nasze skoki. Dużo bardziej praktyczna umiejętność. Run Silent nie jest zbyt przydatne, kiedy znajdziemy już Cloaka. Drugi wybór może być już nieco bardziej wymagający - obydwa wszczepy są przydatne, poleciłbym jednak Aqualung - nawet jeżeli nie będziesz go później ulepszał, to i tak może się przydać parę razy. Udaj się teraz do Alexa, ponownie zaopiekuj się dobytkiem ze schowka w podłodze, o którym wspominałem wcześniej. Czas odwiedzić Sama, da Ci trochę sprzętu. Warto także odwiedzić cele UNATCO, by przyglądnąć się przesłuchaniu. Po dłuższej chwili agent Simons straci nad sobą kontrolę i zabije więźniów, Tobie zaś rzuci ostrzeżenie, byś nikomu nie pisnął ani słowa o tym, co tutaj się stało.
Zrobiliśmy już wszystko, co mogliśmy, więc czas wrócić do Jocka. Po drodze jeszcze odwiedź właz obok bunkra z anteną (kod 0451), gdzie znajdziesz robota, który podreperuje Twoją energię. Możesz odlatywać.
Znów pojawisz się w Battery Park, dowiesz się jednak, że wszystko zostało zapieczętowane i zamknięte, nie ma wejścia do Clinton Castle, nawet za pomocą tajemnego przejścia, użytego przez nas wcześniej. Chłopak, który wcześniej udzielił nam o nim informacji, teraz zdradzi, że istnieje jeszcze jedno tajemne przejście w stacji metra, ale nie zna doń kodu. Wróć do chatek przy wejściu do niej, porozmawiaj z Curlym. W zamian za podanie hasła, które usłyszałeś w Hell's Kitchen - Underground - ten zdradzi Ci kod 6653. Otrzymasz 175 punktów doświadczenia. W jednej ze skrzyń także poznasz ten szyfr, jednakże otwarcie jej będzie wymagało wytrychów. Zejdź po schodach do stacji, porozmawiaj z kręcącym się tutaj mężczyzną. W zamian za pieniądze zechce on zdradzić Ci poznany już kod, odmów zatem. Wpisz go za to na klawiaturze w budce telefonicznej. Znajdziesz się na stacji, opanowanej przez narkomanów. Porozmawiaj z kręcącym się tutaj Donem, który w zamian za Zyme podzieli się z Tobą informacją, że w damskiej toalecie, pod zlewem, znajduje się terminal. Teraz po schodach do góry, spotkasz tam El Reya, przywódcę tutejszego gangu. Będzie on chętny sprzedać Ci grant LAM za 750 kredytów (zdzierstwo) lub odda go za darmo, jeżeli zajmiesz się dealerem narkotyków na dole. Zabij go lub oszołom, przeszukaj jego ciało, by zdobyć fiolkę Zyme (którą możesz dać Donowi, jeżeli wcześniej nie miałeś tego specyfiku), wróć na górę. El Ray odda Ci obiecanego LAM-a, Ty zaś otrzymasz 100 punktów doświadczenia.
W północno-wschodniej części stacji poznasz Charliego, który zleci Ci naprawę systemu dostarczającego wodę. Obok jednego z końców stacji znajdziesz zatarasowane belkami przejście - wrzuć tam granat, idź otwartym teraz korytarzem. Przejdź przez rury, uważając na strumienie pary i przekręć kurki. Otrzymasz 100 punktów doświadczenia. Wróć do Charliego, który wyjawi Ci kod do terminalu w żeńskiej toalecie - 5482. Wykorzystaj go teraz, wejdź przez otwarte przejście. Uważaj na strażników kręcących się tutaj, skieruj się na południe. Porozmawiaj z bezdomnymi, jeden z nich zdradzi Ci, że na południowym krańcu korytarza znajduje się tajemne przejście. Ruszaj tam, za kartonowymi pudłami znajdziesz cegłę, którą można nacisnąć. Kolejny sekretny pokój staje otworem, wartownik wewnątrz jednak nie będzie chciał walczyć. To lider NSF! Otrzymasz 200 punktów doświadczenia po rozmowie z nim. Od teraz pozostali terroryści nie będą do Ciebie strzelać. Wykorzystaj to, by przeszukać okolicę, konieczne weź nanokey z biurka w pomieszczeniu, gdzie rozmawiałeś z liderem NSF. Idź teraz na północ, dojdziesz do kolejnych dwóch toalet, tym razem użyj nanokeya na drzwiach do męskiej. Znajdziesz się w pomieszczeniu częściowo zalanym przez toksyczną substancję. Aby przejść dalej, możesz albo ominąć zabezpieczenia terminalu po lewej, dezaktywując lasery na północnej ścieżce, albo odciąć dopływ do rury na południowej ścieżce, która strzela strumieniami pary, lub po prostu skakać po pudłach, by uniknąć kontaktu z toksynami. Którąkolwiek ze ścieżek wybierzesz, w dalszej części korytarza uważaj na wartownika i kamerę w rogu. Zajmij się strażnikiem, przeszukaj go, by znaleźć nanokey. Użyj go do otwarcia pobliskich drzwi. Kolejny dylemat - czy iść prosto, dezaktywując lasery, czy wybrać ściek po lewej, za pudłami? Polecam drugą, oszczędniejszą opcję. Wskocz do wody, skieruj się do wąskiego tunelu na dnie. Po przepłynięciu go znajdziesz się w częściowo zawalonym pomieszczeniu, przez szczelinę przekradnij się dalej, uważaj jednak na roboty patrolujące teren. Najlepiej w tym celu użyć korytarzyka, do którego dostęp otrzymamy po wejściu w szczelinę po prawej. Idź do samego końca tunelu, po czym szybko przejdź na drugą stronę, otwórz drzwi i odetchnij z ulgą - roboty za Tobą, Ty zaś otrzymasz 50 punktów doświadczenia. Idź przed siebie, przeszukaj pokój, znajdziesz multitoola, lockpicka i datacube'a z loginem "etodd" i hasłem "saintmary". Za stalowymi drzwiami przed Tobą znajduje się już terminal lotniska NSF. Wejdź do środka. Otrzymasz 100 punktów doświadczenia. W tym pomieszczeniu zauważysz kanister z Ambrozją - Alex poleci Ci, byś odnalazł pozostałe. Uważaj teraz na strażników, którzy pojawiają się w tym pokoju, oraz na kamerę nad drzwiami. Wybierz korytarz po lewej. Na parterze są dwa gabinety, które warto przeszukać. Znajdziesz w nich multitoola, bioelectric cell oraz lockpicka. Wejdź po schodach, zajmij się kolejnymi wartownikami. Zignoruj drzwi po lewej - choć prowadzą na lądowisko helikoptera, miejsce, gdzie się kierujemy. Otwarcie ich wymaga jednak zużycia cennych wytrychów. Na razie wybierzemy drzwi w głębi korytarza, także po lewej. Otwórz je, zajmij się strażnikiem w środku. Zhackuj komputery, by wyłączyć kamery (etodd - saintmary). Rozejrzyj się uważnie po otoczeniu. Z pewnością zauważysz datacube'a tuż pod przyciskiem alarmu. Przeczytaj jego treść, po czym zwróć uwagę na przycisk za paprotką. Naciśnij go, a Twym oczom ukaże się sekretne pomieszczenie. Odkrycie go, oprócz możliwości zaopiekowania się jego zawartością, da Ci także 75 punktów doświadczenia. Wróć się teraz do głównego holu i zwiedź prawe skrzydło terminalu. Uważaj na patrolujących teren terrorystów oraz na kamerę na piętrze. Przeszukaj wszystkie półki, jeżeli chcesz, możesz włamać się do bankomatu i zhackować go dla kredytów. Następnie otwórz sobie drzwi do lądowiska. Roi się ono od strażników, uważaj szczególnie na snajpera pod dachem. Najlepiej ściągnąć go od razu i uporać się z resztą wartowników. Zejdź teraz na niższe piętro, skieruj się do korytarza oznaczonego "Exit". Uważaj na działko na jego końcu. Najlepiej chować się za framugami drzwi, po czym błyskawicznie dezaktywować działko lub od razu wejść w drzwi po lewej, prowadzące do windy. Znajdziemy się teraz na właściwym lądowisku. Jest ono patrolowane przez roboty, które są diabelnie niebezpieczne. Po wyjściu z budki windy szybko wejdź pomiędzy kontenery naprzeciw, skieruj się w lewo, aż Twoim oczom ukaże się niewielka przystań. Nadal uważając na roboty, zajmij się strażnikami wewnątrz - znajdziesz tam jeden z dwóch poszukiwanych przez Ciebie kanistrów Ambrozji. Przeszukaj także ciało wartownika - znajdziesz przy nim nanokey, który potrzebny Ci będzie już za chwilę. Idź w kierunku południowym, zajmij się kolejnymi strażnikami i uważaj na roboty (jeżeli naprawdę dają Ci w kość, zawsze możesz zaryzykować dezaktywację ich za pomocą EMP grenade). Użyj znalezionego klucza na skrzynce obok bramy, by ją otworzyć. Obejdź budynek z lewej strony, skradając się, i wejdź do środka. Zajmij się strażnikami wewnątrz, uważaj na jednego patrolującego górne piętro. Przeszukaj cały budynek, zwróć szczególną uwagę na wystającą cegłę, tuż nad podłogą, na lewo od tarczy z rzutkami (które, notabene, także możesz zabrać). Naciśnij ją, by otworzyć sobie sekretną zbrojownię. Przy ciele jednego ze strażników znajdziesz klucz - otwórz nim drzwi na piętrze. Znajdziesz się w sypialni strażników, jeżeli masz dość wytrychów, możesz zaopiekować się dobytkiem w skrzynkach. W jednej z nich, otwartej, znajdziesz datacube'a z kodem do hangaru. Użyj znalezionego szyfru na klawiaturze przy drzwiach nieopodal. Otrzymasz 50 punktów doświadczenia i otworzysz sobie dostęp do samolotu Lebedeva. Paul poinformuje Cię, że współpracuje z NSF i wytłumaczy częściowo całą konspirację, z którą walczy. Zanim wejdziesz do środka samolotu, rozejrzyj się po hangarze. Jeden z mechaników będzie skłonny handlować. Warto także zaopiekować się pudłami wewnątrz przyczep. Teraz możesz wejść na pokład. Na wyższym poziomie znajdziesz nanokey, otwórz nim zamknięte drzwi. Spotkasz się z Lebedevem, który będzie miał dla Ciebie sporo ciekawych informacji. Niestety, waszą rozmowę przerwie Anna Navarre, która postawi Cię przed trudnym wyborem - albo zabijesz terrorystę, albo ona zrobi to za Ciebie. Jeżeli chcesz, możesz ugiąć się pod jej naciskiem, ja proponuję jednak rozmawiać z mężczyzną tak długo, aż panna Navarre weźmie sprawy w swoje ręce. Dialog bowiem wyjawi sporo ciekawych tajemnic. Po śmierci Lebedeva warto zajrzeć na niższy pokład, po drodze jednak zaglądając pod łóżko nieboszczyka - znajdziesz tam datacube'a z kodem 9905. Przyda Ci się on właśnie piętro niżej, znajduje się tam ostatni ładunek Ambrozji oraz augmentatuion canister, do zdobycia którego będziesz potrzebować wpisać znaleziony kod. Wróć teraz do windy, gdzie czeka już na Ciebie Jock oraz agent Hermann. Osobiście zapewni Cię on, że zajmie się Paulem. Jeżeli chcesz, możesz teraz także dostać się do wieżyczek w narożnikach murów - znajdziesz tam trochę amunicji i broni. Gdy będziesz gotów, porozmawiaj z pilotem i szykuj się do kolejnej podróży.