Póki co celem załogi jest dotarcie do obozu Salarian, niszcząc po drodze siły gethów i otwierając bramy dla Mako (w Stróżówkach). Napotka się tutaj kilku kolosów i pancerników, ale nie stanowią problemu, jeśli walczymy w Mako. Po otwarciu bram i dotarciu do obozu dowiadujemy się o Sarenie i jego planach odnośnie armii krogan. Wrex nie jest w stanie oswoić się z myślą, że trzeba zniszczyć genofagum (lek dla jego wymierającej rasy). Żeby nie sprawiał problemów, musimy z nim pogadać na osobności. Podczas rozmowy jest możliwość, że ktoś zginie. W pewnym momencie konwersacji będziecie mierzyć do siebie z pistoletów. Od tej chwili Twoje odpowiedzi mogą sprawić, że ktoś zginie (zawsze jednak będzie to Wrex). Jeśli wykonaliśmy już zadanie Zbroja rodowa krogan, łatwo uda się go uspokoić. W innym wypadku, używając perswazji, przemówimy mu do rozsądku (1000PD), natomiast zabijając go, otrzymamy dużo więcej bonusów, ale stracimy towarzysza (700K, 2900PD, 25PMr). Jeżeli spróbujemy uniknąć podjęcia którejś z powyższych decyzji, Ashley nas uprzedzi i zabije kroganina, ale nie przyniesie nam to żadnych profitów, jedynie skomentowanie śmierci Wrexa może dać 2PM (również kiedy osobiście zabijemy Wrexa). Podczas najbliższej rozmowy z kapitanem Kirrahe możemy zaproponować działanie związane z ciałem naszego towarzysza (jeśli zginął), co da nam kolejne 2PM. Możemy jeszcze zrobić zakupy, a następnie informujemy kapitana o gotowości do misji. Będziemy musieli wybrać, który z dwójki ludzi nam towarzyszących ma pomóc w ogólnym szturmie, a który będzie ewentualnie zakradał się z nami.
;){kind=link}
A- Wejście do bazy
B- Boczne wejście do bazy
1- Urządzenie
2- Urządzenie
3- Grupa sond
;){kind=link}
A- Do wejścia do bazy
B, C- Na wyższy poziom
;){kind=link}
A- Na poziom więzienny
B- Na niższy poziom
C- Na niższy poziom
D- Winda do laboratoriów
E- Do cel
F- Do wejścia do bazy
;){kind=link}
A- Do bazy
B- Do bazy
C- Winda do bazy
D- Do wieży komunikacyjnej
E- Na główny poziom bazy
1- Rana Thanoptis
Najpierw warto udać się do wieży komunikacyjnej, gdzie likwidując kilku przeciwników i majstrując przy urządzeniu (1) pomagamy grupie frontowej. Po drodze do drugiego urządzenia (2), które łatwo można zniszczyć, napotkamy pojedynczych gethów. Przechodzimy dalej, gdzie znowu napotkamy syntetyczne jednostki stawiające opór oraz kilku krogan. Na północy znajduje się grupa sond, a za zniszczenie wszystkich zyskamy 8PMi. Po oczyszczeniu lokacji możemy udać się drogą na skróty (A) lub wybrać dłuższą (B), która wywrze większy wpływ na rozgrywkę. Wyjście północne prowadzi przez magazyn bezpośrednio do biura ochrony, gdzie korzystamy z windy. Natomiast alternatywne przejście (B) daje możliwość włączenia alarmu. Mamy dwie opcje – włączymy po naszej stronie, ale więcej gethów będzie nas atakowało (8PMi) lub narazimy armię frontową na bardziej zmasowaną obronę (8PMr), co skutkuje śmiercią kapitana w późniejszym czasie. Dalej docieramy do cel więziennych, gdzie z jednym z salarian da się porozmawiać. Jeśli ich uwolnimy, zyskamy 8PMi (będzie trzeba ich zabić), a zostawiając ich na pastwę losu – 8PMr. Znajdziemy po drodze jeszcze inne cele, gdzie jednak przywódca będzie bardziej rozważny – uwalniając ich również uzyskamy 8PMi, ale nie będą wrogo nastawieni. Możemy ich jednak zostawić i zyskać 9PMr. W pomieszczeniu Ochrony korzystamy z windy (C). Docieramy do laboratorium, gdzie prowadzone są badania nad genofagum. Pewien krogański naukowiec będzie chciał nas zatrzymać, ale jest zdecydowanie za słaby, aby mu się to udało. Wychodząc z laboratorium napotkamy podniesiony most. Wchodzimy więc do pomieszczenia obok, gdzie porozmawiamy z Raną (1). Poprosi o darowanie życia w zamian za dostęp do tajnego laboratorium Sarena. I tak będziemy mogli tam wejść, a za puszczenie jej wolno nie otrzymamy profitów (za zabicie jej – 8PMr). Po skorzystaniu z windy (D) znajdziemy kolejny nadajnik oraz porozmawiamy z niecodziennym stworzeniem. Dowiemy się o innym spojrzeniu na sprawę. Po konwersacji skontaktuje się z nami Joker. Wracamy do podniesionego mostu, który teraz będzie już opuszczony. Przyjdzie nam walczyć z kilkoma kroganami, a następnie idziemy dalej (E). Jesteśmy coraz bliżej miejsca, gdzie należy podłożyć bombę. W międzyczasie dowiemy się o zneutralizowaniu drugiego działa, co pozwoli Normandii na umiejscowienie ładunku. Kiedy już będziemy przy bombie, otrzymamy komunikat, że drużyna kapitana jest przyszpilona i przydałaby się im pomoc. Joker odmówi, więc wyruszymy im na pomoc drugim wyjściem. W tym momencie otworzy się ekran wyboru drużyny, ponieważ Kaidan i Ashley nie będą już dostępni. Po pokonaniu kilku przeciwników, korzystamy z windy. Czeka nas trudny wybór, ponieważ osoba, która jest przy bombie, została zaatakowana. Nie jesteśmy w stanie pomóc wszystkim, a od naszej decyzji zależy, komu będzie dane przeżyć. Argumentacja może dać 2PM. Kontynuujemy lub cofamy się, zależnie od wyboru. Tak czy inaczej, czeka nas grupa syntetyków oraz Saren. Walka z nim będzie krótka, ponieważ jest sam. Po niej jednak ucieknie, zupełnie jak my.
Na Normandii będzie tradycyjne zebranie załogi. Najpierw osoba uratowana wyrazi żal, a od naszej argumentacji będzie zależeć, czy dostaniemy 2PM. Następnie Liara pomoże nam w wywołaniu wizji i odkryje, że Kanał znajduje się na planecie Ilos. Rada po raz kolejny wyrazi wątpliwości, więc musimy sobie radzić sami. Jednak podczas wyboru galaktyki dostaniemy informacje o natychmiastowym wybraniu się na Cytadelę. Jest to ostatni moment, aby wykonać niektóre zadania z niezbadanego świata.