W przeciwieństwie do poprzednich części, tym razem główny bohater Deus Exa od samego początku posiada dostęp do wszystkich ulepszeń i nie wybiera, które ma zainstalować. By zacząć korzystać z ich dobrodziejstw, Adam musi je jedynie odblokować. Technicznie rzecz biorąc, następuje to po zakupieniu danego ulepszenia za punkty Praxis. Można je otrzymywać na różne sposoby - jednym z nich jest zdobywanie doświadczenia. Co pięć tysięcy PD gracz zostaje nagrodzony jednym Praxisem. Są one czasem także nagrodą za zadania, a dziewięć z nich ukrytych jest w skrytkach na różnych etapach gry. Co bogatsi mogą wydać 5000 kredytów i zakupić Praxis w klinikach LIMB.
Dobierając ulepszenia, należy martwić się przede wszystkim aktualnymi potrzebami. Nie warto brać np. Zaimplementowanej Oddycharki, gdy wiemy, że nie będziemy musieli dużo biegać czy przebywać w skażonym terenie. Jeżeli nie walczymy zbyt dużo, wydawanie punktów na zmniejszenie odrzutu broni również wydaje się być chybionym pomysłem. Gra została zaprojektowana tak, by przeciętny użytkownik wykupił wszystkie najważniejsze dla niego wszczepy, niemożliwe jest jednak posiadanie każdego.
>> Wszczepy głowy>> Wszczepy korpusu
>> Wszczepy nóg
>> Wszczepy oczu
>> Wszczepy pleców
>> Wszczepy rąk
>> Wszczepy skóry